Najwięcej wątpliwości budzą jednak kwestie bezpieczeństwa. Niewiele aptek (w tym tylko część z tysiąca, które przystąpiły do akcji szczepień) jest w stanie sprostać kryteriom, jakie postawiło Ministerstwo Zdrowia. Niektóre z aptek, które zadeklarowały wykonywanie testów, wcześniej wykonujących szczepienia i dysponujących osobnym pomieszczeniem, skróciło godziny szczepienia (np. od rana do 13.00), by po południu przeprowadzać testy. Część zapowiada lub realizuje testy dopiero w godzinach wieczornych, po zamknięciu apteki. Ale niektórym farmaceutom nawet testowanie po godzinach otwarcia apteki wydaje się ryzykowne ze względu na warunki lokalowe. Stąd pomysł, by przy aptekach stawiać kontenery lub namioty, w których wykonywane byłyby testy – pojawił się on już zresztą w rozmowach z Ministerstwem Zdrowia.
Tu rodzą się jednak kolejne wątpliwości: po co angażować do tego personel apteki (który w sezonie infekcyjnym i tak na brak pracy na pewno nie narzeka), skoro w punktach wymazowych angażuje się do pomocy przeszkolonych żołnierzy? Do pobierania wymazów na potrzeby testów antygenowych nie potrzeba, jak mówią, skomplikowanej wiedzy; osoby, które uczestniczyłyby w solidnym szkoleniu i wykonały pewną liczbę testów pod nadzorem – na przykład diagnosty laboratoryjnego – mogłyby się tym zająć z równie dobrym skutkiem.
Aptekarze podkreślają też, że wbrew temu, co zapowiadało Ministerstwo Zdrowia, w pierwszych dniach zdecydowana większość punktów, jeśli nie wszystkie, pracowało na swoich testach, bo dostawy z Rządowej Agencji Rezerw Strategicznych dopiero są rozsyłane – za takie testy apteki otrzymają oczywiście więcej pieniędzy w ostatecznym rozliczeniu. Natomiast na swój koszt muszą sfinansować środki ochrony indywidualnej, bo przynajmniej na razie nie ma mowy o ich dostarczaniu przez RARS ani o refundacji.
Przedstawiciele samorządu aptekarskiego, który od lat walczył o rozszerzenie uprawnień farmaceutów – i w tej chwili jest bliski realizacji postulatów – tłumaczą, że błędem jest odnoszenie liczby aptek, które przystąpiły do programu testowania, do ogólnej liczby wszystkich funkcjonujących w Polsce – wtedy rzeczywiście wynik nie jest imponujący. Zdaniem wiceprezesa Naczelnej Rady Aptekarskiej należy tę liczbę zestawiać z liczbą punktów wymazowych, których jest w kraju poniżej tysiąca. Wówczas przystąpienie nawet owych 180 aptek robi sporą różnicę (co oczywiście znowu w liczbach bezwzględnych wygląda rzeczywiście dużo lepiej, ale przepustowość punktów wymazowych i aptek są nieporównywalne, zwłaszcza jeśli spora część tych ostatnich wymazy pobiera de facto przez kilka godzin).
