Wśród wątpliwości dotyczących bezpieczeństwa szczepień często wymienia się związek pomiędzy szczepieniami a chorobami autoimmunizacyjnymi, w tym chorobami demielinizacyjnymi. Ich genezą są opisy przypadków takich chorób, których pierwsze objawy pojawiły się w związku czasowym z wykonaniem szczepienia. Przeprowadzone do tej pory badania z grupą kontrolną nie potwierdziły związku przyczynowego ze szczepieniem. Konieczne jest jednak prowadzenie dalszych badań nad tym aspektem bezpieczeństwa szczepień, ponieważ choroby autoimmunizacyjne występują stosunkowo rzadko.
Nową publikacją, dostępną w czasopiśmie „JAMA Neurology”, jest amerykańskie badanie kliniczno-kontrolne zagnieżdżone, w którym wykorzystano bazy danych (elektroniczną dokumentację medyczną, rejestry szczepień) należące do Kaiser Permanente Southern California, instytucji udzielającej świadczeń zdrowotnych ponad 3,7 mln mieszkańców stanu Kalifornia. Grupę przypadków utworzyło 780 osób, u których w latach 2008–2011 rozpoznano stwardnienie rozsiane lub inny nabyty zespół demielinizacyjny obejmujący ośrodkowy układ nerwowy. Do każdego przypadku dobrano 5 osób zdrowych, dopasowanych pod względem płci, wieku i miejsca zamieszkania. Jako czynniki zakłócające uwzględniono m. in. choroby współistniejące i przebycie choroby zakaźnej przed pojawieniem się pierwszych objawów zespołu demielinizacyjnego. Nie stwierdzono, aby szczepienie przeciwko WZW typu B lub przeciwko HPV wiązało się ze zwiększonym ryzykiem wystąpienia takiego zespołu w ciągu 3 lat od wykonania szczepienia – iloraz szans (OR) odpowiednio 1,12 (95% CI: 0,72–1,73) i 1,05 (95% CI: 0,62–1,78). Autorzy zwrócili jednak uwagę, że wnioski dotyczące szczepienia przeciwko HPV oparto na małej liczbie przypadków. Nie zaobserwowano również zwiększonego ryzyka zespołu demielinizacyjnego po przeprowadzeniu jakiegokolwiek szczepienia (OR: 1,03 [95% CI: 0,86–1,22). Ryzyko to było jednak zwiększone w grupie wiekowej ≤50. roku życia, ale tylko w okresie 30 dni od podania jakiejkolwiek szczepionki. Według autorów to krótkotrwałe zwiększenie ryzyka sugeruje, że szczepienie może przyspieszać ujawnienie się procesu autoimmunizacyjnego, który wcześniej przebiegał subklinicznie.
W końcowych wnioskach autorzy zaznaczyli, że w trakcie dłuższego okresu obserwacji nie stwierdzono związku przyczynowego pomiędzy szczepieniami a chorobami demielinizacyjnymi.