Niepełne regulacje wewnętrzne lub ich brak, sprawozdania finansowe niezgodne ze stanem faktycznym albo ich brak, niepodejmowanie czynności windykacyjnych, zaniżanie ustalanych stawek czynszu najmu czy dzierżawy, zaniechanie aktualizacji tego czynszu, zawarieranie umów naruszających interes ekonomiczny szpitali - to tylko niektóre zarzuty Regionalnych Izb Obrachunkowych wobec samodzielnych publicznych zakładów opieki zdrowotnej.
Negatywna ocena związana jest także z brakiem zrealizowania przez większość zakładów uczestniczących w postępowaniu restrukturyzacyjnym założonych celów i parametrów ekonomicznych, mimo że w odniesieniu do poszczególnych etapów procedury restrukturyzacji izby nie stwierdziły istotnych uchybień, a środki uzyskane przez SP ZOZ tytułem pożyczki ze Skarbu Państwa wydatkowane zostały zgodnie z przeznaczeniem.