Negatywna ocena działań Funduszu wynikała przede wszystkim "ze stwierdzonych nieprawidłowości w przestrzeganiu wymogów prawnych, przy realizacji ustawowych zadań, oraz wysokiego poziomu niewydatkowanych środków finansowych, które powinny być wykorzystane na opłacenie wciąż dalece niezaspokojonych świadczeń medycznych".