Jak tłumaczy Ministerstwo Finansów, głównym celem tej funkcji jest poprawa efektywności funkcjonowania systemu ochrony zdrowia, zwiększenie dostępu do świadczeń opieki zdrowotnej, promowanie zdrowia i profilaktyki, propagowanie zdrowego stylu życia, a także poprawa jakości usług w jednostkach ochrony zdrowia, usprawnienie podstawowej oraz specjalistycznej opieki zdrowotnej, jak również inwestycje w infrastrukturę ochrony zdrowia o znaczeniu ponadregionalnym.