Najwyższa Izba Kontroli negatywnie oceniła realizację w latach 2005–2007 programów restrukturyzacyjnych przez większość z 49 skontrolowanych w okresie od 15 maja do 10 grudnia 2007 r. zakładów opieki zdrowotnej, którym udzielono pożyczek Skarbu Państwa za pośrednictwem Banku Gospodarstwa Krajowego w oparciu o ustawę z 15 kwietnia 2005 r. o pomocy publicznej i restrukturyzacji publicznych ZOZ-ów.
Wyniki finansowe osiągnięte przez 34 SPZOZ-y (71% skontrolowanych) były gorsze od prognozowanych w tych programach, a 23 placówki (47%) zrealizowały, w okresie objętym kontrolą, mniej niż połowę zaplanowanych zadań. Nadzór nad realizacją programów był niewystarczający - uważa NIK.