Dyrektorzy szpitali wytykają błędy w nowym systemie rozliczania z Narodowym Fundiszem Zdrowia - system JGP nie przewidywał np. płacenia za leczenie dzieci z nadciśnieniem na oddziale nefrologicznym, nie było jak rozliczyć neurochirurgicznego leczenia padaczki, a do niektórych zabiegów nie doliczono kosztów znieczulenia.